培根认为，过去的科学和哲学之所以毫无成果是因为缺少适当的方法。人的理解力自身缺少力量—就像缺少工具和方法帮助的手一样。我们必须设计一种获取知识的新方法，为心灵找到新的手段或工具，也就是要找到新逻辑和新工具。原来的三段论逻辑对于科学发现来说毫无用处。它只能使建立在粗俗观念上的错误根深蒂固，而无助于探求真理。

但是在详细描述他的方法之前，培根指出心灵自身应当清除所有的虚假观念、偏见或者假相，他认为一共存在四种假相。种族假相为人的心灵本性所固有，其中包括对最终因的寻求（神学）和将人类的愿望加给自然的习惯。洞穴假相为因为具体的人以及其秉性、教育、交往、阅读和崇拜的权威的不同而各不相同。市场假相是所有假相中最麻烦的。它们产生自词语和名称的联想。词语被用来称呼并不存在的事物，或者它们虽然是实际事物的名称，但却混乱、界定不清并从事物中仓促抽取出来。剧场假相是虚假理论或哲学的结果。

心灵必须摆脱这些假相并加以清除，真正承担起获取知识的任务。必须记住，所提出的目标是要发现原理，不是要通过言辞征服对手，而是要通过工作征服自然。如果不了解自然我们就不可能实现这一目的。为了产生结果，我们就必须了解原因。现在的三段论方法无助于推进这一任务。三段论法只能对已经发现的事情进行整理—对通过其他方法获得的真理进行系统化。三段论由命题构成，命题由语词构成，而语词则表示概念。如果我们的基本概念是从事物中混乱而草率地抽象得来的（事实通常如此），那么知识的整个上层建筑都不牢固。诚然，三段论中所使用的概念、原理和公理都是建立在经验基础上的—实际上，所有概念、原理和公理都是如此，但是通常经验是含糊和有缺点的，我们的概念是过于轻率的概括。因此我们的唯一希望就是真正的归纳法。我们必须采取有条不紊的方式从经验逐渐上升到越来越高级的一般命题，直到最终到达最普遍和最明确的原理。在追求知识的过程中，我们必须将经验和理性才能结合起来。

归纳并不是简单的列举—那是小孩子的事情。人类知识的目标是要发现特定自然或性质的形式或真正基础。培根并不是用“形式”来指实在论者所指的抽象形式或者理念的。他告诉我们，物质（而不是形式）才应当是我们注意的对象。自然中除了按照确定规律行动的个体之外，再不存在其他事物。在哲学中按照定律对性质或者事实的考察、发现和解释，既是知识的基础，也是活动的基础。培根将这一定律称为形式，这一术语当时已经得到广泛使用。培根提到的特勒肖认为热和冷是自然的积极形式。热的形式是热的定律，它决定和控制所有的热，热也取决于这一形式。知道这一形式的人就理解甚至在最不相同的实体中自然所具有的统一性；他知道自然中恒常普遍的东西为人类力量开辟的广阔道路，人类的思想很难理解和预料这一力量。对这种永恒不变的形式或原因的研究构成形而上学。对动力因和物质、潜在过程和结构的研究构成物理学。形式知识或自然基本规律的应用会催生最为重要的发明。培根将形而上学知识的应用称为“魔术”〔这一术语很明显受到了炼金术（制造金子的技术）的启发〕。物质和动力因的知识的应用是力学或实用物理学。培根强调应用形而上学和物理学知识发明事物，并强调对自然的控制，这表明他很清楚地预见到了近代建立在科学基础之上的科技概念。

科学试图发现的原因或规律是“形式”，这些形式可以通过三种归纳法发现：（1）一种特性或性质的形式是这样的：给定的形式总是会出现相应的性质。因此，性质存在时，总是存在形式，形式普遍地包含着性质，而性质总是为形式所固有。给定某一性质，我们必须首先确定所有在这一性质上一致的所有已知例证，虽然这些例证在其他方面可能完全不同。这些方法就是所谓的“肯定例证”，这一枚举就是培根的实质表或存在表，为穆勒的求同法作了准备。（2）一种形式是这样的：如果剥夺了形式，则性质总是会消失。形式不在时，也就没有性质，形式的缺乏包含着性质的缺乏，形式不为其他任何性质所固有。因此我们必须检查那些缺乏给定性质的例证，即所谓的“否定例证”。否定例证应当与肯定例证相结合，并注意那些与既有形式也有性质的例证最为相似的事物在给定性质上的缺乏，培根称这一枚举为差异表或接近中的缺乏表，这预示了穆勒的差异法。（3）最后，我们要考察这些情形，在其中我们要研究的对象具有较高或较低程度的存在，这要靠对比它在同一对象中增加或减少，或者在不同对象中的程度。这就是培根的程度表或者比较例证—这是穆勒的共变法的原型。培根还提出了心灵发现形式所使用的大量归纳研究的辅助性方法和技巧，例如排距法、“初次收获”或者假设的使用、关键性引证或者“特权例证”等，但是他并没有对归纳理论的这些方面进行系统发展。